要解决Google Chrome浏览器中手动安装的根证书导致部分企业内部网站信任阻拦的问题，可以尝试以下方法：
1. 禁用Chrome扩展程序中的根证书信任功能。在Chrome浏览器设置中，点击“更多工具”>“扩展程序”，关闭“启用根证书信任”选项。
2. 使用第三方安全软件（如火狐浏览器）安装和配置根证书。将根证书文件复制到火狐浏览器的根目录（通常是`C:\Program Files\Mozilla Firefox\Profiles\\LocalState\root.jks`），然后重启火狐浏览器。
3. 修改本地计算机的hosts文件，允许访问被阻止的网站。在Windows系统上，打开“控制面板”>“网络和共享中心”>“更改适配器设置”，右键点击当前连接的网络，选择“属性”，在“Internet协议版本4（TCP/IPv4）”下点击“属性”，找到“使用下面的DNS服务器地址”并输入正确的域名解析服务器地址，例如`8.8.8.8`或`8.8.4.4`。保存设置后，尝试访问被阻止的网站。
4. 如果上述方法都无法解决问题，可以考虑使用企业级防火墙或VPN服务来保护内部网站的安全。